Ce projet, complémentaire au TGV Rhin-Rhône, a pour but de dédier de façon privilégiée au trafic fret, la ligne ferroviaire existante entre Mulhouse, Besançon et Dijon. Le trafic voyageur interrégional sera en effet capté par la nouvelle ligne TGV. Ainsi, une liaison ferroviaire fret performante serait opérationnelle notamment entre le Port de Marseille et le bassin industriel du Sud Alsace, et permettrait un trafic sans contraintes techniques des conteneurs fluvio/ferroviaires. les aménagements nécessaires, portant notamment sur la mise au gabarit adéquat de quelque 60 tunnels entre Montbéliard et Besançon, sont réalisables pour un investissement relativement pondéré, de l'ordre de 60 millions d'€. Envisagé un temps dans le cadre du Contrat de Plan spécifique Avenir du Territoire entre Saône et Rhin (2000/2006), l'objectif est désormais d'assurer l'inscription de ces travaux dans le cadre du prochain "contrat de projets" (2007/2013).